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对3岁以下的宝宝来说，体内肠道菌群不稳定，且大部分肠道菌群都是从母亲那里得到的，因此，肠道微生态不平衡，很容易引发腹泻、特异性皮炎、1型糖尿病、哮喘、肥胖以及过敏等问题。
宝宝肠道菌群不平衡，很多时候需要求助外界的帮助，这时候益生菌及其相关食品就派上用场了。益生菌是一种定植在人体内，可以调节人体肠道菌群平衡的有益活性微生物。在婴幼儿时期适量补充益生菌能有效调节宝宝肠道定植菌群，预防特应性疾病和增强宝宝免疫力，呵护宝宝健康成长，但前提是需要益生菌在体内达到一定的量。
婴幼儿益生菌食品中最常见的有动物双歧杆菌、乳双歧杆菌、鼠李糖乳杆菌，这些益生菌对预防婴幼儿腹泻、便秘、上火以及提高肠道免疫力、预防龋齿等方面有积极作用。而罗伊氏乳杆菌则对宝宝过敏、湿疹、荨麻疹都有一定预防和缓解作用，也是唯一一个对宝宝肠绞痛有缓解作用的益生菌。
当前市面上的益生菌制剂那么多，选择时有三点需要注意。
一是要看菌种、菌株名称。国家对婴幼儿益生菌产品的审核相当严格，目前仅有13株益生菌获准用于婴幼儿食品。选择益生菌产品时一定要认准国家审批的菌种和菌株。菌种就是如动物双歧杆菌这样的汉语学名，菌株号则是动物双歧杆菌后面跟着的Bb-12这样的编号。
二是要看活菌量。益生菌从开封到到达宝宝肠胃，要历经无数磨难。一部分益生菌因接触空气而失去活性，即使顺利进入人体，也有一部分益生菌会被胃酸和胆汁杀死。所以一定要保证益生菌制剂活菌的数量足够，服用后才可能发挥真正的效用。国家卫生健康委员会发布的《益生菌保健食物评审规定》中规定，保质期内每毫升或每克益生菌产品活菌数量需要不少于106个菌落形成单位。所以选择的时候要学会看标签，从产品包装上查看活菌数值。需要提醒的是，益生菌活菌数会随保存时间延长而逐渐变少，大家挑选益生菌产品时应尽量不要选择临近保质期的。
三是要看产品成分。在益生菌制剂中，除了益生菌本身，往往还会添加一些其他的物质，这时候往往需要家长睁大眼睛仔细查看。像对乳蛋白过敏的宝宝，应避开含有脱脂乳粉、全脂奶粉的益生菌产品，乳糖不耐受的宝宝则需避开含有乳糖的产品。选择益生菌产品时，一般建议尽量选择成分单一、不添加其他配料的。此外，在挑选产品时，要尽量选择安全性高、生产工艺成熟、质量要求严格的产品。
特别需要提醒的是，食用益生菌只是一种在宝宝肠道菌群不平衡，出现拉肚子、湿疹、长时间便秘等情况时采用的外力辅助手段，健康宝宝是没有必要食用的。长期食用太多益生菌，容易让肠胃对人工合成的益生菌产生依赖，最后反而会产生一些不好的效果。